چهار لاک‌پشت انسان‌نما که توسط استاد خود در هنر نینجوتسو آموزش دیده‌اند، باید یاد بگیرند که با یکدیگر همکاری کنند تا با تهدید شردر و گروه فوت کلن مقابله کنند.

لاک‌پشت‌ها و شردر بار دیگر با هم می‌جنگند، این بار بر سر آخرین کپسول حاوی ماده سمی که لاک‌پشت‌ها را به وجود آورده است؛ ماده‌ای که شردر می‌خواهد از آن برای ساخت ارتشی از جهش‌یافته‌های جدید استفاده کند. در همین حال، اسپلینتر در آستانه گرفتن یک تصمیم بزرگ است.